Die Auberginen waschen und längs halbieren. Das Fruchtfleisch mit bis auf etwa ½ cm herauslöffeln und fein würfeln. Die Hälften mit Salz bestreuen.
Die Knoblauchzehe schälen und fein hacken. Die Paprika putzen und in Würfel schneiden. Die Pilze putzen und klein schneiden. 2 El. Öl in der Pfanne erhitzen und den Knoblauch andünsten. Auberginenfleisch und Paprikawürfel zugeben und kurz unter Rühren mitdünsten. Pilze unterheben und kurz mitschmoren. Mit Salz, Pfeffer und Thymian würzen und den Frischkäse unterrühren. Die Mischung in die Auberginenhälften füllen und auf ein gefettetes Backblech setzen. Mit Olivenöl beträufeln und bei 180 Grad ca. 40 Minuten backen.
Nach 25 Minuten den geriebenen Käse darüber streuen.